Həsən bəy 1812-ci ildə Tiflisdə zadəgan ailəsində anadan olub. O, 1830-cu ildə kadet korpusunu bitirdikdən sonra Qafqaz müsəlman-süvari polkunda xidmət edir. Az sonra bölük komandiri Həsən bəy Ağalarovun fərasəti və hərbi işdəki nizam-intizamı general-leytenant knyaz Vasili Osipoviç Behbudovun diqqətini cəlb edir. Ona görə də general, poruçik Həsən bəy Ağalarovu qərargah işləri üzrə ən yaxın köməkçisi təyin edir.
1834-cü ilin sentyabrında azərbaycanlılardan ibarət Zaqafqaziya atlı-müsəlman alayı Varşavaya ezam olunanda onun sıralarında general İsmayıl bəy Qutqaşınlı, Abbasqulu ağa Bakıxanovun kiçik qardaşı general-mayor Cəfərqulu ağa Bakıxanov və kapitan Həsən bəy Ağalarov da vardı.
1852-ci ildə isə polkovnik Həsən bəy Ağalarov Zaqafqaziya atlı-müsəlman alayının komandiri təyin olunur. Bir il sonra Krım müharibəsi başlananda bu alayın tərkibində xüsusi döyüş dəstələri yaradıldı. "1853-56-cı il Şərq müharibəsinin təsviri" kitabının müəllifi A.F.Qeyrot yazır ki, təkcə gəncəlilərdən ibarət iki süvari dəstəsi yaradılmışdı. Onların ümumi sayı min nəfər cəsur atlıdan ibarət idi. Bu süvarilər hansı cəbhəyə göndərilirdisə, ordan igidlik və rəşadətləri haqqında xoş sözlər eşidilirdi.
1857-ci ildə general-mayor rütbəsinə layiq görülən Həsən bəy Ağalarov Qafqaz əlahiddə ordusunun zabiti kimi ömrünün axırına qədər döyüşən hissələrdə hərbi borcunu şərəflə yerinə yetirmişdir.
General Həsən bəy Ağalarovun sənədləri ilə tanış olduqda görürük ki, o, Tiflisdə yaşayan mütərəqqi fikirli Azərbaycan ziyalıları ilə dostluq etmişdir. O zaman canişinlikdə müşavir və tərcüməçi işləyən Ağa bəy Yadigarovla, general-mayor İsrafil bəy Yadigarovla, general İsmayıl bəy Qutqaşınlı ilə böyük dramaturq Mirzə Fətəli Axundovla və görkəmli şair Qasım bəy Zakirlə yaxından əlaqə saxlamışdır.
1840-cı ildə ştabs-kapitan rütbəsində olan Həsən bəy əla xidmətinə görə üçüncü dərəcəli müqəddəs Stanislav ordeni ilə təltif olunur. 1849-cu ildə onun alayı Debreçin şəhəri uğrunda gedən döyüşlərdə macarların bir rotasını darmadağın edib dörd topunu alanda polkovnik Həsən bəy Ağalarov döyüşdə göstərdiyi igidliyə görə dördüncü dərəcəli "Müqəddəs Georgi ordeni"nə layiq görülür.
Həsən bəy Ağalarov 1883-cü ildə Tiflisdə vəfat etmişdir.
